食品添加物は人体で代謝される可能性がありますが、特定の代謝は多くの要因に依存します。
食品添加物には主に防腐剤、硬化剤、香料剤などが含まれます。食品中の食品添加物の含有量が所定の範囲内にあり、少量のみが摂取されている場合、通常、人間の吸収と消化を通じて体から排泄される可能性があり、一般的に明らかな害を引き起こすことはありません。ただし、食品中の食品添加物の含有量が大きすぎて所定の範囲を超えている場合、長期摂取は肝臓や腎臓などの複数の臓器に損傷を与える可能性があります。
食品添加物の代謝時間は、タイプ、用量、および個々の健康状態によって異なります。ビタミンCなどの天然添加剤は、水溶性経路を介して簡単に排泄されますが、合成添加剤は代謝に時間がかかる場合があります。消化器系の健康、肝機能、および個人差（年齢、性別、遺伝的要因など）は、代謝率に影響します。たとえば、正常な肝機能を持つ人々は通常、ほとんどの食物添加物をより迅速に代謝することができますが、異常な肝機能は代謝が遅くなる可能性があります。さらに、高用量の食品添加物は、完全に代謝されるまでに時間がかかる場合があり、体の負担を増加させる可能性があります。
一部の種類の食品添加物は、人体で完全に代謝されない場合があります。たとえば、アスパルテームやサッカリンなどの人工甘味料は一般にエネルギーに代謝されず、過度の摂取量は一部の人々に胃腸の不快感を引き起こす可能性があります。ベンゾ酸ナトリウムやソルビン酸カリウムなどの防腐剤は、人体に消化されて吸収されず、過度の摂取量は一部の人々に胃腸の不快感を引き起こす可能性があります。酒石酸塩やカーマインなどの合成着色剤は、人体によって分解するのがほとんど困難であり、特に子供ではアレルギーの反応や行動の変化を引き起こす可能性があります。